آلودگی عسل ممکن است به روش های مختلفی صورت می گیرد که مهمترین آن میکروبی است.
شهد و گرده گلها، دستگاه گوارش زنبور عسل، گرد و غبار و هوا میتواند سبب وجود میکروارگانیسم در عسل به صورت اولیه شود و سپس دستکاری کارگران، ابزار و وسایل، ظروف، حشرات، حیوانات و گرد و غبار میتواند آلودگی میکروبی عسل را افزایش دهد.
آلودگی ثانویه در عسل برخلاف آلودگی اولیه با مدیریت درست به راحتی قابل کنترل است. به دلیل میزان کم آب و قند بالای عسل اکثر باکتریها قادر به رشد و تکثیر در آن نیستند، اما مقدار کمی از قارچ ها و باکتری های تولیدکننده اسپور ممکن است در عسل یافت شود.